Nommé capitaine en 1964, il procède, à partir de 1965, à la structuration du premier bataillon para-commando de l’armée congolaise, à Brazzaville. Il est désigné comme représentant de l’armée national au comité central du Mouvement National de la Révolution (MNR).
En avril 1966, Marien NGOUABI est muté à Pointe-Noire, de façon arbitraire, pense-t-il. Les fonctions auxquelles il est nommé sont inférieures à celles qu’il occupait à Brazzaville. Il refuse de rejoindre son lieu d’affection. Le 25 juin 1966, le président MASSAMBA-DEBAT rétrograde le capitaine Marien NGOUABI qui deviendra simple soldat de deuxième classe. Cette mesure provoque de violents incidents populaires. Il retrouve son grade de capitaine. Il est alors affecté au Bureau d’études de l’Etat-major, sans fonction précise. Il y écrit son premier ouvrage : « Soldat du peuple ».
Sur ordre du président MASSAMBA DEBAT, le 29 juillet 1968, le capitaine Marien NGOUABI est arrêté. Cette arrestation déclenche, le 31 juillet 1968, le mouvement insurrectionnel dit de réajustement de la révolution. Marien NGOUABI est libéré par un commando de parachutistes et prend la direction de ce mouvement. Peu après, il crée et préside le Conseil National de la Révolution (CNR), y siègent entre autres MASSAMBA-DEBAT et Pascal LISSOUBA. En fait, le CNR détient désormais la réalité du pouvoir politique. Le chef de l’Etat établi en est réduit à inaugurer les chrysanthèmes. Le 14 septembre 1968, MASSAMBA-DEBAT démissionne de la présidence de la République. Le 31 décembre1968, Marien NGOUABI assume les fonctions de chef de l’Etat en remplacement du commandant Alfred RAOUL, Premier ministre, qui les exerçait provisoirement.
Le 31 décembre 1968, Marien NGOUABI est élu à l’unanimité président du Comité central du Parti Congolais du Travail (PCT) qu’il vient de fonder, président de la République, chef de l’Etat, président du conseil d’Etat.
Le 23 mars 1970, quelques mois après la création du Parti Congolais du Travail, le lieutenant KIGANGA tente un coup d’Etat avec un commando venu de l’extérieur. Il s’empare de la radio pour diffuser des messages séditieux. Le même jour, il est abattu dans l’enceinte de la radiodiffusion nationale par des troupes régulières. C’est la première grande alerte en direction de Marien NGOUABI. Deux ans après cette première épreuve de force, malheur en a pris, un groupe de membre influents du PCT tente à son tour de renverser le commandant Marien NGOUABI, alors en séjour à Pointe-Noire. L’échec de cette nouvelle tentative est annoncé, dans la matinée par le Colonel YHOMBY OPANGO, chef d’Etat-major de l’Armée populaire nationale. Dans l’après-midi, le commandant Marien NGOUABI regagne Brazzaville. Son avion atterrit à la borne 45 km sur la route du nord.
Le mandat de Marien NGOUABI est ponctué de nombreuses crises institutionnelles comme celle du 12 décembre 1975, au terme de laquelle on parle de rectification du processus révolutionnaire. Un Etat major spécial est mis sur pied.
Le 18 mars 1977, il est assassiné. Cet assassinat est d’abord attribué à MOTANDO puis à un commandant conduit par l’ex-capitaine Barthélemy KIKADIDI. MASSAMBA-DEBAT, commanditaire présumé dudit assassinat sera exécuté peu de temps après. L’ouvrage de feu MASSENA lève un coin du voile sur cet épisode de la vie nationale et sur bien d’autres. Marien NGOUABI était réputé brave et patriote. Il avait su capitaliser les acquis du régime précédent, y ajoutant sa part de réalisations économiques.
Marien Ngouabi